Anteriormente el Carabobo Fútbol Club era llamado Valencia Fútbol Club , fue fundado el 24 de septiembre de 1964 por iniciativa de Oswaldo Michelena, Ecari, Rodolfo Noya, el entrenador brasileño Orlando Fantoni y el periodista Francisco Silvino Nagaris. Asi en su debut gano la Copa Venezuela de 1965 , tras vencer en la final al Lara FC: 1-1 en Barquisimeto y 1-0 en Valencia. Como este torneo se alargó más de lo previsto, entonces, y por primera vez en la historia del fútbol profesional, un campeonato se disputó durante dos años y mas tarde habia campeonado en el año 1971  ; desde ese entonces no había podido establecerse como un equipo ganador, y un constante animador a la Copa Libertadores ya que ste equipo había descendido y ascendido una y otra vez a través de los años 80 y 90. Un sube y baja ocasionado por el deterioro de la capacidad económica y administrativa de quienes lo gerenciaban. No fue hasta1997 en que había sido campeón del Torneo de Ascenso de ese año en que el equipo pasa a llamarse como es conocido actualmente.

El Carabobo Futbol Club nace el 24 de junio de 1997, gracias a la iniciativa del Gobernador Henrique Salas Feo a través de Fundadeporte representada por Rafael Palacios, las autoridades de la Universidad de Carabobo encabezadas por el Rector Asdrubal Romero y el presidente de la Fundación Valencia F.C. Ricardo Maldonado quienes asumieron la responsabilidad de reestructurar en todos los niveles al Valencia F.C. cambiando su nombre al que conocemos hoy en día; debido a su inestabilidad económica, deportiva y administrativa. En ese entonces se decide también cambiar el color de la indumentaria y adoptar los colores que identifican al EstadoCarabobo hoy en día (bordo y blanco), ya que anteriormente vestía de verde y blanco por lo que muchos lo llamaban el equipo perico.

El Director Técnico desigando para esta primera experiencia fue José Julián "Pepito" Hernandez, quien dirigió una plantilla integrada por algunos jugadores de la selección nacional y refuerzos extranjeros brasileños surgidos de la cantera del Fluminense. Estos pioneros fueron: Vicente Rosales, Giuseppe Samele, José Robledo, Wilson Medina, Jorge Vergara, Luis Palacios, Altair Arruda, Jhoan Zamora, José Dudamel, Piter García, José Luis Jiménez, Walter Colina, Gabriel Rengel, José Hurtado, Otto González, Cesar Salazar, Edgar Villarroel, Rhonni Figuera, Arturo Parra, Juan Carlos Castellanos, Oscar Ramírez Calderón, Carlos Romero, Modesto González, Cesar Monsalve, Valnir Da Silva Medeiros "Pitinho", Christian Bayoi, Oswaldo Palencia, Andrew "Pochi" Páez, Fabio Maciel Da Silva y Cosme Batista.

El Carabobo F.C. hizo su debut en el torneo Apertura 97 directamente en la Primera División el día 3 de Agosto del mencionado año ante Estudiantes de Merida en el estadio Soto Rosa, consiguiendo la victoria un gol por cero. La anotación ocurrió en el minuto 27 del segundo tiempo. Cosme Batista entro por Cesar Salazar para buscar mayor ofensiva y recibió un centro dejado por Pitinho que remato a placer, dejando tendido al portero rival. Los protagonistas titulares de ese histórico día fueron: Vicente Rosales en la porteria, Jimenez, Vergara, y Palacios en la defensa, Juan Carlos Castellanos, Fabio Maciel y Cesar Salazar en el medio campo, los carrileros Modesto sanchez y Carlos Romero y los atacantes Palencia y Pitinho. Cosme Batista ingresó por Salazar en el segundo tiempo.

Su debut como local en el Misael Delgado fue ante Llaneros de Guanare con victoria de un gol por cero con gol de Vergara el 10 de Agosto de 1997 y contó con la asistencia de aproximadamente tres mil (3000) personas. Posteriormente descendió en el torneo 2000-2001 para luego regresar a la división de honor en el Apertura 2002. Derrotando en partido de ida y vuelta al Portuguesa FC.

Clasificó a la Copa Sudamericana en 2004, 2006 y 2007. Su mejor participación fue en 2004, siendo eliminado en la segunda vuelta porCienciano del Perú.